In Guardians of the Galapagos nemen we een kijkje achter de schermen met de makers van Sea Lions of the Galapagos en ontdekken we hoe die film tot stand is gekomen en welke wereld de inspiratie heeft gevormd. Het team van Disneynature krijgt te maken met zeeziekte, hitte en extreme duikomstandigheden tijdens hun pogingen om de levensloop van de jonge zeeleeuw Leo vast te leggen. Met intieme beelden van zeeleeuwengedrag, zoals speelse jonkies, surfende tieners en volwassen zeeleeuwen die op enorme geelvintonijnen jagen. Maar de eilandengroep wordt bedreigd door wereldwijde problemen zoals invasieve exoten, vervuiling, illegale visserij en de gevolgen van El Niño. In deze film is ook aandacht voor een groep dappere mensen, de ware hoeders van de Galapagoseilanden, die hun best doen om de eilanden te beschermen door milieucampagnes te steunen, stranden op te ruimen, koraal te herstellen en plaatselijke kinderen te helpen om dit betoverende gebied te verkennen.